Formó parte de la selección colombiana que campeonó en el Sudamericano Sub-20 de 2005. También estuvo en la plantilla que disputó el Mundial Juvenil Países Bajos 2005. Ha sido convocado en varias oportunidades para la selección mayor, con la que ha jugado las eliminatorias para Sudáfrica 2010, teniendo un partido destacado frente a la Selección del Perú. El 6 de junio de 2011 fue convocado por el técnico Hernán Darío Gómez para jugar en la Copa América 2011 que se realizó en Argentina. Zúñiga fue titular en 13 de los 16 partidos que se disputaron en las Eliminatorias Sudamericanas al Mundial 2014, convirtiéndose en el 4° jugador que más minutos jugó en la selección. Camilo le da una asistencia a Radamel Falcao para que anote el primer gol del partido, y además, convirtió su único gol en las eliminatorias contra Uruguay, luego de una jugada individual sorprendente en la que le hace un túnel a Álvaro Pereira y anotó el 4-0 definitivo a favor de Colombia. El 13 de mayo de 2014 fue incluido por el entrenador José Pekerman en la lista preliminar de 30 jugadores con miras a la Copa Mundial de Fútbol de 2014. Finalmente, fue seleccionado en la nómina definitiva de 23 jugadores el 2 de junio. Participó en este mundial, ayudando a su selección a llegar hasta cuartos de final. Jugaría los cinco partidos del certamen, todos de titular siendo como una de las figura del equipo tricolor. Durante el partido disputado por los cuartos de final de la Copa mundial de futbol de 2014 contra Brasil. El 11 de mayo de 2015 fue seleccionado por José Pekerman en los 30 pre-convocados para disputar la Copa América 2015. ​Fue seleccionado en la nómina definitiva de 23 jugadores el 30 de mayo.