Su gusto por el patinaje se fue desarrollando al punto que al cumplir los cinco años de edad ingresó a la escuela de patinaje de la liga de Bolívar. Cecilia Baena continuó patinando y cultivando su pasión por el deporte, hasta que en 1996, cuando tenia tan solo diez años de edad, le pidió́ a su padre que la llevara a ver el campeonato mundial de este deporte que se realizaría en Barrancabermeja, Santander. Aquel fue el instante decisivo en que Cecilia Baena comprendió́ que quería dedicarse al patinaje. ​ Cecilia ha participado en distintos campeonatos de patinaje, obteniendo victorias regionales y nacionales. Sin embargo, sus metas eran mucho más ambiciosas. En el año 2000 comenzó́ a prepararse para la Copa Estados Unidos. El primer obstáculo que tuvo que superar fue el de su edad: para competir en la categoría world class, era necesario que los competidores tuvieran al menos catorce años. Puesto que Cecilia tenia trece años en el momento, fue necesario convencer a las autoridades competentes para que la dejaran participar en el evento. Finalmente le fue permitido competir y ganó el evento. ​ Desde entonces sus triunfos continuaron sin descanso. La Federación Colombiana de Patinaje la ascendió́ a la categoría juvenil. De esta manera integró la selección colombiana de patinaje y llegó a ser cuatro veces campeona del mundo, dos veces subcampeona y nombrada deportista del año en Colombia. Obtuvo el récord mundial en los 500 metros de ruta, participó en las competencias de Francia en el 2001, las de Bélgica en el 2002 y las de Venezuela en el 2003. Entre sus varios triunfos se pueden destacar once títulos mundiales en la categoría junior, cuatro récords nacionales, treinta y cinco medallas de oro otorgadas en competencias internacionales y haber representado a Colombia en once ocasiones a través de la selección nacional.